صدها عنوان پایان نامه محصول پژوهشهای دانشجویان تحصیلات تکمیلی مدرسه عالی شهید مطهری است پایان نامه های مذکور در زمینه ی علومی نظیر فقه، حقوق، فلسفه، کلام می باشند که بسیاری از آنها بصورت تطبیقی صورت گرفته است.
فصلنامه رهنمون، نشریه علمی و پژوهشی مدرسه عالی شهید مطهری است این مجله پژوهشهای محققان را در زمینه هایی چون تفسیر، فقه، حقوق، فلسفه، عرفان و کلام به چاپ می رساند.
. همایش ها ی علمی
مدرسه عالی شهید مطهری جهت مشارکت فعال در نهضت تولید علم و ارایه محصولات پژوهشی دانشجویان خود همایش هایی را برگزار می نماید که ارایه پایان نامه ها در نشست هایی علمی از این مقوله است.
