بر اساس وقف­نامه­ي مدرسه­ي عالي ، توليت آن با حاكم عصر ميباشد و چنانچه او صلاح بداند از جانب خود، شخصيتي را مي تواند به نيابت توليت منصوب كند. پس از فوت سپهسالار افراد متعدد سرشناسي در 29 دوره نيابت مدرسه­ي عالي را به عهده داشته­اند كه به تفصيل در بخش تاريخچه آورده شده است.      پس از پيروزي انقلاب اسلامي، آيت­الله محمد امامي كاشاني با حكم امام خميني(ره) به اين مقام منصوب شدند و به همت معظم له تا به امروز اين مسجد و مدرسه­ي عالي با نام انديشمند فرزانه، شهيد آيت­الله مرتضي مطهري، فعاليت خود را گسترش داده است.    آيت­الله محمد امامي كاشاني از شخصيت­هاي علمي و معنوي جمهوري اسلامي ايران هستند كه در سال 1310ش. در شهر كاشان در خانواده­اي مذهبي و علمي چشم به جهان گشود و دروس مقدمات را در حوزه­ي علميه­ي كاشان نزد عالمان آن ديار فرا گرفت. از سال 1328 تا 1340ش. متون علوم فقه، اصول و فلسفه را از محضر آيات شهيد صدوقي، شيخ جواد تبريزي، مرعشي نجفي و ديگر عالمان آموخت و درس خارج فقه و اصول را از محضر آيت­الله­العظمي بروجردي و امام خميني فرا گرفت و حكمت متعاليه و تفسير قرآن كريم را از محضر آيت­الله علامه سيد محمدحسين طباطبايي و آيت­الله علامه سيد ابوالحسن رفيعي قزويني آموخت.    آيت­الله محمد امامي كاشاني همگام با نهضت اسلامي امام خميني، بارها بوسيله­ي ساواك احضار و ممنوع­المنبر گرديد. وي پس از پيروزي انقلاب شكوهمند اسلامي علاوه بر توليت مدرسه عالي شهيد مطهري مسئوليت­هاي چون: ·    نمايندگي مردم كاشان در اولين دوره­ي مجلس شوراي اسلامي ·    امام جمعه موقت تهران ·    رياست ديوان عدالت اداري ·    عضو شوراي نگهبان(به مدت 18 سال) ·    عضو مجمع تشخيص مصلحت نظام ·    نمايندگي مردم تهران در مجلس خبرگان رهبري در سه دوره­ي متوالي را عهده­دار بوده يا مي­باشند. ـ