مركز اسكن نسخه هاي خطي‌ :   اين بخش در سال 1371 هـ . ش با اهداف زیر ایجاد شد: 1-       حفظ و  مصون ماندن نسخه‌هاي نفيس و با ارزش كتاب­خانه­ی مركزي؛ 2-       عدم استفاده­ی ‌مكرر از اصل نسخه‌ها به منظور جلوگيري از ورود خسارت به كتاب‌ها و تأمين امنيت آن‌ها؛ 3-       فراهم آوردن امكان مبادله­ی ميكروفيلم، نسخه­ی عكسي، كتاب و ... با ساير كتاب­خانه‌ها و مؤسسات. در اين مركز تاكنون بيش از 2000 حلقه ميكروفيلم به صورت نگاتيو و پوزیتیو از كتب خطي كتاب­خانه­ی مركزي و ديگر كتاب­خانه‌هاي خطي معروف جهان نظير كتاب­خانه­ی احمديه­ی سوريه، كتاب­خانه­ی عمومي مغرب، كتاب­خانه­ی دانشگاه هاروارد امريكا و كتاب­خانه­ی سليمانيه در تركيه، مهدالخطوطات آذربايجان، كتابخانه­ی خسروبيگ يوگسلاوي، كتاب­خانه­ی اوقاف يمن، كتاب­خانه­ی جستربيتي انگلستان، كتاب­خانه­ی ظاهريه در سوريه، كتاب­خانه­ی دانشگاه هاروارد، پطرزبورگ روسيه، مركز جمعه الماجد امارات به صورت مبادله‌اي تهيه شده است.   در حال حاضر با توجه به همگام شدن با تكنولوژي روز اسكن صفحات نسخه هاي خطي به صورت تصاوير ديجيتالي در اين مركز ادامه دارد و تاكنون اين مركز توانسته بخش زيادي از نسخه هاي خطي موجود در كتابخانه مركزي را اسكن نموده و در اختيار محققين و پژوهشگران قرار دهد.