بخش خطي كتابخانه مدرسه عالي شهيد مطهري شامل كتب و مرقعات بسيار نفيس و گاه منحصر به فرد ميباشد كه باعث شهرت جهاني اين كتابخانه گرديده است. تعدادي از اين کتابها ارزش هنري بسياری دارد؛ به طوري كه بعضي از آنها سندي محكم و دليلي قاطع بر كمال هنرمندي و ذوق اصيل فرهنگ ايراني ميباشد و اگر از پیشینیان هيچ اثري نبود، هر يك از اين كتابها براي اثبات مدعاي ما در سابقهی تمدن كهن و درخشان علمی، دینی و هنری ميهن اسلامي كفايت ميکرد. كتابهاي مذكور بيشتر در زمينهی علوم قرآني، فقه و اصول، نجوم، رياضيات، ادبيات، تاريخ، حديث، علوم طبيعي و پزشكي ميباشد كه مورد توجه شايان بسياري از محققان داخلي است و بسياري از محققان و پژوهشگران كشورهاي مختلف را نیز به خود جلب كرده است كه نشان دهندهی اهميت جهاني كتب ارزندهی اين كتابخانه ميباشد؛ اين بخش شامل «4200» نسخهی خطي است. بعد از انقلاب اسلامي نيز به تعداد نسخههاي خطي افزوده شد؛ لذا تصحیح و تكميل فهرستهاي موجود در دستور كار قرار گرفت و هم اكنون هزاران فيش تهيه شده است كه به صورت فهرستهاي جديد منتشر خواهد شد. علاوه بر آن تصحيح و تكميل فهرست نسخههاي خطي كتابخانه جهت نقد و بررسي عالمان فن به صورت سلسله مقالات در نشریه رهنمون، نشریهی علمی مدرسهی عالی شهید مطهری، منتشر شده است و هماكنون اين مجموعه مقالات به صورت كتابي به وسيلهی انتشارات مدرسهی عالي شهيد مطهري چاپ شده است. در اين بخش دفتر يادبودي نيز وجود دارد كه اولين يادداشت آن مربوط به يكي از مقامات مصري در سال 1308 هـ . ش ميباشد. اين دفتر، خود يكي از مهمترين اسناد كتابخانه به شمار ميآيد و در آن دستخط بسياري از رجال سياسي و دانشمندان ايراني و خارجي به چشم ميخورد كه نظرات خويش را در توصيف كتابخانه مرقوم داشتهاند.قفسههاي اين بخش كتابخانه قديمي است و به نوبهی خود اثري تاريخي به شمار ميآيد. | 
